新興病毒對整個世界的威脅日益俱增，SARS、禽流感、H1N1等病毒嚴重危害到人類的生命，對社會經濟、交通、生態、教育等層面等造成很大的衝擊。於1998年，在台灣爆發腸病毒71型大流行時，長庚大學與長庚醫院已形成良好的合作團隊。其中，腸病毒71型的各項研究均深獲國際的肯定。

因此，於2006年，長庚大學正式成立新興病毒感染研究中心，期望透過不同領域的專家共同合作，完成以下使命：（1）辨識新興病毒感染疾病（2）進行新興病毒跨領域之研究（3）建立基礎科學及臨床科學的橋樑（4）開發抗病毒藥物及免疫療法（5）協助生技業者研發病毒防疫相關產品（6）藉由紮實的國際合作以促進新興病毒感染症之研究。